Som handelsplats och stad bekräftade Jönköping sina privilegier redan på 1200-talet. Jönköping har tack vare sitt läge vid Vättern haft stor betydelse för transporter och handel sedan lång tid.
Under 1100- och 1200-talen hade Visingsö stor betydelse. Inte bara i jönköpingsområdet utan för vad som senare skulle komma att blir Sverige. På visingsös södra udde låg Näs, landets första kungaborg. Flera av äldre tiders kungar har kopplingar till den gamla borgen, bland annat Magnus Ladulås. Fästet uppfördes under 1100-talet under fejderna mellan de Sverkerska och Erikska ätterna. År 1318 brändes borgen under strider mellan Magnus Ladulås söner.
Jönköping som ortnamn dyker för första gången upp i skrift år 1278 (in castro Junakøpung). Namnet anses allmänt komma från den bäck som en gång rann genom staden, "Junebäcken". Exakt vad ordet June anger är inte säkert, men det kan komma från det fornnordiska ordet ýr vilket betyder idegran. Ordet "köping" anger att det var en handelsplats. Jönköping betyder således handelsplatsen vid junebäcken. Eller om man så vill, handelplatsen vid idegransbäcken.
I stadens äldre historia intar Magnus Ladulås en viktig roll. Den 18 maj 1284 ger han Jönköping lov att hålla två återkommande marknader. Priviligiebrevet är det äldsta bevarade som en svensk stad fått.